工業合作以加速產業結構優化及落實國防能量自主為目標，以提升國際競爭優勢，努力方向將聚焦於：
01.加速產業結構優化
協助智慧機械、航太、綠能、生技及資訊安全產業引進高值化應用技術，藉國外技術移轉方式，協助掌握關鍵材料、零組件及設備自製之產能。
02.落實國防能量自主
協助籌建重大軍購案之維修體系與強化民間參與國防建設。
有鑑於工業合作計畫為政府重要政策資源工具之一，為使有限資源發揮最大效益，未來推動方式將著重於：
01.加速產業結構優化
工業合作項目兼顧產業與國防需求，選精擇優，並以滾動式管理，精實工業合作需求項目，維護更新前述需求資料庫。
02.善用工合額度擴大效益
引導產業切入高端產品應用領域、建構完整產業供應體系、協助建立國防維修體系，以技術引進與認證、國內投資與生產及國際行銷與推廣為優先，創造產值、促成投資及增加就業人力。